Первый регулярный пассажирский рейс - 23.02.1996 Москва-МинВоды. По результатам эксплуатационных испытаний в ВАЛ в 1993-1994гг, были проведены доработки, облик 64011 стал эталонным для всех последующих Ту-204-100.
С бортом произошёл известный случай - посадка в Омске 14.01.2002 с остановившимися двигателями. Во время выполнения рейса Франкфурт-Новосибирск запасным был выбран Барнаул. При выполнении захода по схеме в а/п Новосибирск экипаж получил информацию об уходе на запасной по метеоусловиям. Однако, в а/п Барнаула метеоусловия также не соответствовали минимуму, и было принято решение садиться в Омске. В итоге, на удалении 17км от аэродрома кончилось топливо. Экипаж смог выполнить успешную посадку.
2010.03.22 - аварийная посадка в СМУ в Домодедово на удалении 1км от торца ВПП 14П. Жертв нет, борт получил значительные повреждения. Причина - ошибка экипажа, решившего совершить посадку вместо ухода на запасной аэродром.