Изначально был зарегистрирован за чехословацкими ВВС, но сразу же был возвращен ВВС СССР. Никаких документов о полетах за ВВС Чехословакии не сохранилось.

В СССР стал прототипом Ту-104А-ТС (грузовой вариант Ту-104А). Был переделан в грузовик в конце 60-ых начале 70-ых (точной даты конвертации нет). В качестве грузового самолета использовался недолго, после чего стал использоваться в Чкаловском для тренировки космонавтов в невесомости (как в Ту-104АК). Был одним из немногих долголетающих Ту-104. Списан в конце 70-ых.

перевезён в Звёздный городок

12 августа 2020 года открыт мемориальный комплекс Ту-104АК.
https://www.roscosmos.ru/29006/