Четвёртый лётный Як-30.
С июня 1961 года - участвовал в государственных испытаниях.
По замечаниям НИИ ВВС, для обеспечения полетов по кругу с максимальной полетной массой, этот самолет имели усиленные консоли крыла (так называемые "крылья серийного образца").

На Як-30 №4 ("90") были успешно проверены катапультные установки, обеспечивающие безопасное покидание самолета через остекление. Было проверено катапультирование через фонарь до индикаторной скорости 610 км/ч с парашютистом-испытателем В.С.Кочетковым, лауреатом Сталинской премии, и до 760 км/ч с манекенами.

С августа 1961 г. в течение двух месяцев на подмосковном аэродроме Монино проходили сравнительные летные испытания Як-30 (борт "90"), L-29 № 003 и TS-11 № 03. От Советского Союза летали летчики ГК НИИ ВВС Ю.А.Антипов, В.К.Подольный и начальник управления А.Г.Терентьев.
Як-30 лучше проявил себя по ходу испытаний, однако, по политическим причинам в серийное производство были запущены L-29 и TS-11.

В 1975 году передан в музей ВВС в Монино. Сначала хранился в закрытом для посетителей ангаре № 7, а в 1990-е годы установлен в экспозиции «Учебные и спортивные самолеты», открывшейся в этом же ангаре. Перед передачей в музей самолёт перекрасили, лишив бортового номера.