Во время раздела Чехословацкой Социалистической Республики самолёт перешёл к Чехии. В 1987–1988 годах в авиаремонтных мастерских в Кбелах он был модернизирован до версии Z-1. Были добавлены специальная антенная система и контрольно-измерительная аппаратура. Антенная система была закрыта аэродинамическими кожухами по бокам фюзеляжа. В 1989 году самолёт совершил полёт в Мошнове и был передан в Пардубице. В ноябре 2002 года, снова в Кбелах, он был модернизирован и впоследствии переоборудован обратно в транспортный вариант. Переоборудование было завершено в июле 2003 года. Войсковые испытания прошли в ноябре 2003 года. В 2004 и 2005 годах самолёт 3209 был переоборудован в транспортный вариант Ан-26Б-100 в рамках капитального ремонта. В 2007 году он был оснащён аварийным радиомаяком ELT.

В январе 2005 конвертирован в пассажирскую версию, в ВВС Чехии с этого момента идет под обозначением An-26Z-1.
В Украинском реестре Ан-26-100